一般的清洗包括浸泡、刷洗、浸酸、沖洗和滅菌五個步驟。清洗后的玻璃器皿不僅要求視覺上看起來干凈，而且不能在培養表面殘留任何物質。

初次使用和培養使用后的培養皿，均需用清水浸泡，以使附著物軟化或被溶液掉。

培養過細胞后的器皿，則常附有大量蛋白質和殘存的細胞、碎片等，干后不易洗掉，故用后要完全浸入水中，避免留有氣泡或浮在液面上。

浸泡后的器皿，一般要用軟毛刷配合洗滌劑刷洗，以除去器皿表面附著較牢的雜質。工具不要太硬，刷洗要適度，過度會損害器皿表面光澤度，表面出現劃痕后，會影響細胞貼壁生長，同時更容易破損。

酸液是由重鉻酸鉀、濃硫酸和蒸餾水按一定比例配制而成，酸液對器皿腐蝕作用輕微，但是長時間浸泡的細胞瓶會變脆，而其強氧化作用可除掉刷洗不掉的微量雜質。

浸酸是清洗過程中關鍵的一環。在接觸酸液之前必須做好防護，準備過肘的耐酸手套、相關面部和身體的防護器具及工作服等。

在浸酸后，將器皿撈出，盡可能瀝干容器內的酸液，避免迸濺。先用自來水沖洗3-5次，然后用蒸餾水沖洗3-5次，最后用去離子水沖洗3-5次，以保證器皿內無酸液殘留，晾干或烘干備用。有條件的實驗室可使用超純水再次沖洗。

雖然器皿中殘留的酸液很少，但是對沖洗后的廢水處理，仍然要格外注意，如果量少可以存至廢液桶統一處理，如果量大要根據實際情況判定，能否直接將廢液排入下水道。

為了避免有水蒸氣進入培養器皿中，一般選擇干熱方式滅菌。將已烘干的培養瓶/皿和移液管進行封口處理，使用雙層錫紙等材料包裹瓶口，移液管尾以脫脂棉填充后，過酒精燈快速灼燒。包裝封口過程中，避免使用紗布等易產生碎屑和纖維的材料，防止落入耗材中影響細胞培養，也避免使用膠帶等不耐高溫的材料，防止融化后不宜清理或導致起火。

待干熱滅菌箱降到室溫后，將處理好的培養耗材小心帶至細胞房中照射紫外，進行表面消毒即可使用，記得在開封后使用無菌PBS進行潤洗。

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